При раздельном планировании денежных потоков по двум и более организациям нужно:
1. Завести каждую организацию как отдельное юридическое лицо.
2. При создании плановой операции, указывать рамчетный счет нужного юрдического лица(организации, к которой оно относится)
3. В разделе «планирование» → «Платежный календарь» выбирать в фильтрах нужные организации, для того чтобы увидеть динамику денежных потоков по этим организациям в нужных периодах.